La visita segue un itinerario definito e ben segnalato da pannelli informativi. Si inizia dalla Sala de San Mauricio con il dipinto di El Greco Martirio di San Maurizio e la legione tebana. Si prosegue poi con il Museo de Arquitectura e il Museo de Pintura, dove si trovano numerosi capolavori di artisti spagnoli, fiamminghi e italiani, come Tiziano, Tintoretto, Paolo Veronese, Rubens e José de Ribera, anche se gran parte della collezione dell’Escorial si trova al Prado.
Si arriva poi al Palacio de Felipe II e di seguito al Panteón Real, uno spazio ottagonale in stile barocco adorno di oro, diaspro rosso e marmo nero. Il Pantheon nella sua grandiosità regale, custodisce le tombe di quasi tutti i monarchi spagnoli da Carlo I ad Alfonso XIII. Le Salas Capitulares adiacenti, che contengono le tombe di principi e principesse, custodiscono i dipinti più belli di artisti quali El Greco, Tiziano, Velazquez e Bosch.
Da qui si accede al Patio de los Evangelistas, circondato da un bel chiostro, con al centro del cortile un piccolo tempio dorico.
La splendida Basílica, al centro dell’Escorial, è circondata da 43 cappelle laterali. La cupola che la sormonta è alta 92 metri. E’ una struttura mastodontica che vi lascerà senza fiato!
Degni di nota la Capilla Mayor, centro spirituale dell’intero edificio, e la statua monumentale del Cristo scolpita da Benvenuto Cellini, in una delle cappelle laterali.
Sopra al Patio de los Reyes, si trova la Biblioteca Reale, con la volta a botte lunga cinquantacinque metri, contenente più di quarantamila libri e documenti, tra cui il diario di Santa Teresa. 
I Jardines del Principe, con le loro magnolie, sequoie e cedri, circondano la Casita del Principe, un piccolo edificio in stile italiano con facciata neoclassica, costruito nel 1772 per il futuro Carlo IV.